Nevýhody mikročerpadla zahrnují především tyto aspekty:
1. Omezení provozních podmínek
Nemůže běžet bez vody po dlouhou dobu: mikročerpadlo se snadno spálí ve stavu nedostatku vody, hlavně proto, že čerpadlo při volnoběhu nebo suché rotaci, motor a mechanické části budou poškozeny nedostatečným mazáním a chlazením.
Nedostatečná samonasávací kapacita: některá mikročerpadla nemají samonasávací kapacitu a musí být ponořena nebo instalována pod hladinou kapaliny, aby normálně fungovala, což omezuje jejich scénáře použití.
Za druhé, výkon a účinnost

Omezený výstupní tlak: Výstupní tlak (výtlak) mikroponorného čerpadla obvykle není vysoký, takže je vhodnější pro případy s velkým průtokem a nízkou dopravní výškou.
Problémy s hlukem: Ačkoli některá mikročerpadla, jako jsou bezkomutátorová čerpadla na stejnosměrný proud, fungují dobře z hlediska ticha, stále existují některé produkty s velkými problémy s hlukem, zejména při vysokých otáčkách.
Údržba a náklady
Vysoké náklady na údržbu: U některých typů mikročerpadla, jako jsou bezkomutátorová stejnosměrná čerpadla, mohou být náklady na údržbu vysoké kvůli jejich složité konstrukci. Navíc v případě poruchy může být vyžadována odborná údržba.
Vyšší náklady: Ve srovnání s některými tradičními čerpadly jsou výrobní náklady mikro čerpadel vyšší, což také vede k jejich relativně vysoké prodejní ceně.
4. Další nevýhody
Snadné nošení: U mikropump, které používají uhlíkové kartáče pro reverzaci, se uhlíkové kartáče opotřebovávají s prodlužující se dobou používání, což má za následek zvýšenou hlučnost nebo dokonce poruchu.
Problém s rezonancí: V některých případech může být frekvence vibrací motoru mikropumpy stejná nebo blízká frekvenci vibrací rámu nebo okolních plastových dílů, což má za následek výskyt jevu rezonance.

